Инновационный метод экспрессии генов теперь применяют на клетках растительного происхождения

Платформа с открытым кодом, которая получила название Drop-seq, была адаптирована для изучения экспрессии генов растительных клеток учеными из Объединенного института генома Министерства энергетики США. Ранее она использовалась только для изучения клеток животных.

Drop-seq находится в свободном доступе с 2015 года и позволяет исследователям в кратчайшие сроки выявить экспрессию генов. Однако после нескольких лет ее использования ученые задались вопросом, возможно ли с его помощью изучать клетки, которые имеют растительное происхождение.

Сложность состоит в том, что толщина клеточной стенки у растений значительно больше, нежели у животных. Ученые опасались, что при ее удалении клетка будет подвержена слишком сильным изменениям для интерпретирования ее работы. Кроме того, их размер не позволяет пройти через одноклеточные платформы RNA-seq.

Ученым удалось решить эту проблему, создав ферментные коктейли, которые удаляют стенки клеток, оставляя их структуру нетронутой. Однако для каждого исследования придется создавать разный коктейль, что все же нивелируется возможностями RNA-seq.

Теперь у исследователей появилась возможность изучить РНК внутри тысяч клеток за один цикл, в то время как предыдущие методы ограничивались максимум сотней. Данная технология становится все актуальнее на фоне активно прогрессирующего глобального потепления и потребности в обеспечении продуктами питания и топливом.