Омикрон, возможно, произошел от мыши

Исследователи из Китайской академии наук в Пекине недавно сообщили о новых интригующих доказательствах возможного происхождения варианта Омикрон от мышей. Их статья, размещенная на сервере препринтов BioRxiv, была быстро изучена и опубликована несколькими днями позже в Journal of Genetics and Genomics. Она опровергает преобладающую теорию, которая утверждает, что последовательность полимутантных шипов Омикрона должна была развиться в условиях затяжной инфекции. Подробности можно узнать на портале MedicalXpress.

Основная идея заключается в том, что мышь могла быть каким-то образом инфицирована человеческим вирусом путем обратного зоонозного переноса, после чего вирус развил все или многие из своих 45 новых мутаций, а затем был передан обратно людям.

Учитывая это, как мог стандартный человеческий вирус распространиться среди мышей? Очевидно несколько вещей относительно того, чем последовательность Омикрона и последствия болезни отличаются от таковых для других четырех вариантов. Хотя Омикрон кажется более заразным, штамм также менее серьезен — он, по-видимому, не нацеливается одинаково на разные классы клеток глубоких легких. Эти типы клеток могут включать бронхиолярные и альвеолярные эпителиальные клетки, альвеолярные макрофаги и различные пневмоциты. Одним из возможных объяснений здесь является то, что Omicron не полагается на гены ACE2 и последующее расщепление TMPRSS для заражения. Вместо этого он предпочитает прямое эндосомное поглощение и расщепление ферментами катепсина.

Авторы рассудили, что если Omicron действительно развился у мыши, то подробные особенности 45 мутаций, которые он приобрел там, должны прямо отражать это. Другими словами, поскольку каждый организм имеет разные механизмы репарации ДНК, количество нуклеотидов, предпочтения кодонов, окислительный фон и другие склонности к мутациям, то молекулярный спектр их мутаций должен обнаруживать видоспецифичную сигнатуру.

На практике это сложная задача. Тем не менее, исследователи разумно построили спектр, используя относительное содержание каждой из 12 возможных замен пар оснований. Они обнаружили, что спектр молекулярных мутаций от Omicron значительно отличался от спектра всех других вирусов, которые развивались у людей, но очень напоминал спектры, связанные с эволюцией вируса в клетках мыши.